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發酵和其他化學工業的最大區別在于它是生物體所進行的化學反應。其主要特點如下：

1，發酵過程一般來說都是在常溫常壓下進行的生物化學反應，反應安全，要求條件也比較簡單。
2，發酵所用的原料通常以淀粉、糖蜜或其他農副產品為主，只要加入少量的有機和無機氮源就可進行反應。微生物因不同的類別可以有選擇地去利用它所需要的營養。基于這—特性，可以利用廢水和廢物等作為發酵的原料進行生物資源的改造和更新。
3，發酵過程是通過生物體的自動調節方式來完成的，反應的專一性強，因而可以得到較為單—的代謝產物。
4，由于生物體本身所具有的反應機制，能夠專一性地和高度選
通風發酵池示意圖
通風發酵池示意圖

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擇性地對某些較為復雜的化合物進行特定部位地氧化、還原等化學轉化反應，也可以產生比較復雜的高分子化合物。

5，一般情況下，發酵過程中需要特別控制雜菌的產生。通常控制雜菌的方法是對設備進行嚴格消毒處理，對空氣加熱滅菌操作以及盡可能的采用自動化的方式進行發酵。通常，如果發酵過程中污染了雜菌或者噬菌體，會影響發酵過程的進行，導致發酵產品的產量減少，嚴重的，甚至會導致整個發酵過程失敗，發酵產品被要求全部倒掉。
6，微生物菌種是進行發酵的根本因素，通過變異和菌種篩選，可以獲得高產的優良菌株并使生產設備得到充分利用，甚至可以獲得按常規方法難以生產的產品。
7，工業發酵與普通發酵相比，對于發酵過程的控制更為嚴格，對發酵技術要求更為成熟，并且能夠實現大規模量產
基于以上特點，工業發酵日益引起人們重視。和傳統的發酵工藝相比，現代發酵工程除了上述的發酵特征之外更有其優越性。除了使用微生物外，還可以用動植物細胞和酶，也可以用人工構建的“工程菌’來進行反應；反應設備也不只是常規的發酵罐，而是以各種各樣的生物反應器而代之，自動化連續化程度高，使發酵水平在原有基礎上有所提高和和創新。

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反應

發酵反應的過程依據不同糖的利用與產物的生產而不同。以下以葡萄糖生產酒精為例，說明釀酒發酵的過程，同時這也是最經典的發酵反應：
化學式：C6H12O6→2C2H5OH+2CO2+2ATP(放出能量:118kJ/mol)文字式：糖（葡萄糖、果糖或蔗糖）→醇類（乙醇）+二氧化碳+能量(ATP)就實際反應的生化途徑而言，在厭氧呼吸的初期，往往是糖酵解途徑，之后的途徑與終產物有關。
類型
根據發酵的特點和微生物對氧的不同需要，可以將發酵
味精發酵工藝生產流程圖
味精發酵工藝生產流程圖
分成若干類型：
1，按發酵原料來區分：糖類物質發酵、石油發酵及廢水發酵等類型。
2，按發酵產物來區分：如氨基酸發酵、有機酸發酵、抗生素發酵、酒精發酵、維生素發酵等。
3，按發酵形式來區分，則有：固態發酵和液體深層發酵。
4，按發酵工藝流程區分則有：分批發酵、連續發酵和流加發酵。
5，按發酵過程中對氧的不同需求來分，一般可分為：厭氧發酵和通風發酵兩大類型。
發酵工程在生物工程中的位置
生物工程主要包括基因工程、細胞工程、酶工程、蛋白質工程和發酵工程等5個部分；

基因工程和細胞工程的研究結果，大多需要通過發酵工程和酶工程來實現產業化。基因工程、細胞工程和發酵工程中所需要的酶，往往是通過酶工程來獲得；酶工程中酶的生產，一般要通過微生物發酵的方法來進行。由此可見，生物工程各個分支之間存在著交叉滲透的現象。

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